В зв’язку з ростом онкогематологічної патології в м. Києві і загалом в Україні, та нагальною потребою організації сучасних, в тому числі і трансплантації кісткового мозку, методів лікування хворих на лейкемії, лімфоми, мієлодиспластичні синдроми, імунодефіцитні стани та солідні пухлини.

З метою вирішення цієї проблеми 15 квітня 1998 р. було укладено договір про співпрацю між Київською міською державною адміністрацією та академією медичних наук України, а 01.02.2000 р. за Розпорядженням голови Київської міської державної адміністрації № 1960 від 09.12.1999 р. було створено Київський центр трансплантації кісткового мозку (КЦТКМ), який підпорядковано Головному управлінню охорони здоров’я м. Києва. Відкриття центру відбулося в квітні 2000 р.

Засновником та власником Підприємства є територіальна громада міста Києва, від імені якої виступає Київська міська рада.

Підприємство пройшло реорганізацію відповідно  до рішення Київської міської ради від 24.10.2019 № 6/7579 «Про реорганізацію закладів охорони здоров’я, що належать до комунальної власності територіальної громади міста Києва» шляхом перетворення Київського центру трансплантації кісткового мозку в комунальне некомерційне підприємство «Київський центр трансплантації кісткового мозку»  виконавчого органу Київської міської ради (Київської міської державної адміністрації).

Підприємство є правонаступником усього майна, усіх прав та обов’язків Київського центру трансплантації кісткового мозку.

КНП «Київський центр трансплантації кісткового мозку»  у своїй діяльності керується Конституцією України, законами України, постановами Верховної Ради України, актами Президента України, Кабінету Міністрів України, наказами Міністерства охорони здоров’я України, рішеннями Київської міської ради, розпорядженнями виконавчого органу Київської міської ради (Київської міської державної адміністрації), наказами Департаменту охорони здоров’я, іншими нормативними актами та цим Статутом.

Підприємство провадить некомерційну господарську діяльність, спрямовану на досягнення, збереження і зміцнення здоров’я населення та інших соціальних результатів без мети одержання прибутку.