Відділення трансплантації кісткового мозку є одним з найбільш складних структурних підрозділів. У цьому відділенні розташовані 12 трансплантаційних блоків з класом чистоти повітря 100, операційна з таким же класом чистоти, стерилізаційна та інші допоміжні приміщення. Високий клас чистоти, необхідна кратність обміну повітря, запрограмовані параметри температури і вологості повітря, яке надходить в асептичні блоки, забезпечуються цілодобовою роботою спеціального кліматотехнічного обладнання, яке оснащене каскадом повітряних фільтрів, включаючи і HEPA-фільтри. В асептичних блоках підтримується підвищений тиск повітря, який запобігає надходженню в “чисту” зону повітря з суміжних приміщень, які мають нижчий клас чистоти.

Технологія “чистих” приміщень є головним інструментом  профілактики  інфекційних ускладнень у хворих з депресією імуної системи у посттрансплантаційному періоді. На відміну від таких методів профілактики інфекцій як антибіотикотерапія, вологе прибирання приміщень з антисептичними і дезінфікуючими засобами, ультрафіолетове опромінення, дана технологія  має принципову відмінність, яка полягає в тому, що вона спрямована не на боротьбу і знищення мікроорганізмів в приміщенні, а на запобігання їх надходженню в “чисте” приміщення  та негайне видалення з приміщення ламінарним потоком мікроорганізмів від хворого та   та медичного персоналу.

Медичне обладнання даного підрозділу дає можливість проводити весь комплекс заходів, необхідних для виконання аутологічних і алогенних трансплантацій та корекції посттрансплантаційних ускладнень, включаючи проведення реанімації та інтенсивної терапії, гемодіалізу.

Потужність  відділення розрахована на виконання 90-100 трансплантацій на рік.